MOPCに搭載されているSADDLE法は、反応物と生成物の構造を入力するだけで、候補となる遷移状態構造を計算してくれます。ほぼ自動的に遷移状態が求まるので、かなりお手軽な方法です。GAMESSなどの非経験的量子化学計算(ab initio)に用いる遷移状態の初期座標として積極的に利…
MOPACを実行してみよう
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今回はMOPAC6, 7の基本的な使用方法について紹介します。GAMESSに比べて入力ファイルの内容はシンプルなので、簡単に覚えられると思います。あくまでGAMESSの補助的使用を目的にしているので、ここではMOPACについて最低限知っておきたいことについて述べます。この内容を一
MOPACの入手とインストール方法
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MOPAC (Molecular Orbital Package) は、半経験的量子力学計算(semi-empirical)を行うためのソフトウェアです。計算に実験的パラメーターを使用することで、計算量を大幅に削減することができます。MOPC6や7は、パブリックドメインなので誰でも利用可能です(MOPAC2016につい
IRC計算の結果をグラフ化してみよう
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今回は、IRC計算の結果のまとめ方についての紹介です。せっかく時間をかけて計算したので、できるだけ綺麗に纏めたいですよね。自分好みにグラフを作成するには、表計算ソフトを使うのが一番です。ここでは、GAMESSで計算した結果の抽出方法とグラフ化について説明します。
MoCalc2012を活用しよう〜IRC計算編~
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MoCalc2012は非常に優れたフリーソフトです。前回紹介したIRC計算のInputファイルの作成って結構面倒ですよね?MoCalc2012を使えばこの作業をある程度自動化できます。また、IRC計算の結果をグラフィカルに表示させたり、エネルギーと反応座標の値をCSV形式で保存できたりと