2017年02月27日 データベースを利用しよう その②~TSDB~ カテゴリ:データベース 遷移構造は、これまで紹介してきた構造最適化や振動数計算と異なり時間をかければ必ずしも解が求まるわけではなく、ある程度の技術的熟練度を必要とします。また、構造最適化の座標データは文献等から比較的入手しやすいのですが、遷移状態の座標データを見つけ出すのは非常… >>続きを読む
2017年02月24日 データベースを利用しよう その①~PubChemQC~ カテゴリ:データベース 量子化学計算(ab initio計算)では、計算結果を得るのに相当の時間を要します。もし、既存の計算データがあるのであればそれを利用したいものです。今回紹介するPubChemQCは、量子化学計算で得られた構造最適化データが3,981,230分子収録されています (17’ 2/23日現在)。前回 >>続きを読む
2017年02月24日 構造最適化について知ろう カテゴリ:用語解説 量子化学計算で最も頻繁に利用されるのが構造最適化計算です。初心者が一番誤りやすいのが「計算が終了したから最安定化構造が得られた」という勘違いです。構造最適化計算は通常、ありえない構造であってもSCFが収束する限り解が求まってしまいます。今回は、そういった陥り >>続きを読む
2017年02月22日 Avogadroを使ってみよう カテゴリ:GUIソフト 『Avogadro』は、GAMESS(Firefly, US, UK)、Gaussian、MOPAC、Psi4などのInputファイルの作成や、Outputファイルの読み込みが可能なフリーソフトです。Avogadroは、非常に親切な設計になっているので、初心者にオススメです。なお、本ブログではAvogadroと一緒に使うと便利 >>続きを読む
2017年02月22日 MacでFirefly(PC GAMESS)を実行しよう カテゴリ:GAMESSの導入 以前の記事で、Firefly(PC GAMESS)のMacへの導入方法を紹介しました。今回は導入したFireflyを実際に使用してみましょう。1) アプリケーションの使いわけ方は?インストールしたFireflyのフォルダを開くと『RUN-FIREFLY-JOBS』といフォルダがあり、その中に計算を実行するア >>続きを読む