量子化学計算を始める前に、対象となる分子の化学構造を特定する必要があります。その際必要となるのが分子モデリングソフトです。分子モデリングソフトはたくさんあるので、好みで選んで頂ければOKです。
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ここで紹介するMolViewは、WebブラウザさえあればOSに関係なく動作可能です。もちろんインストールの必要もないので導入の手間はかかりません。なにより無償で利用できるのでこれを利用しない手はありません。
 

MolViewの使い方は?

1) Webページ(http://molview.org/)にアクセスし、「Continue」をクリックします(赤枠①)。ちなみに、隣の「Get started」で詳しいマニュアル(使用方法)が見れます。
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2) 最初にCaffeineの構造が出てきますが、赤枠②のゴミ箱ボタンを押して消しましょう。赤枠③の「O(酸素)」と「H(水素)」を使って左側の白いスペースに水分子(H2O)を描いてみましょう。直感的な操作なので簡単だと思います。
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3) 赤枠④の「2D to 3D」ボタンを押すと、左側の黒いスペースに水分子の3Dモデルが現れます。(※2D to 3Dボタンが見えない場合は画面サイズを変えるか、「Molvew」ボタンを押して「LAYOUT」から2D/3D画面のレイアウトを変更してみてください。)

4) 次に、Tools >「MOL file」(赤枠⑤)を選択します。そうすると、「MolView.mol」というファイルのダウンロードが開始します。
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5) これで、MoCalc2012などで使用可能なMOLファイル(化学構造)が入手できました。「MolView.mol」は自分の好きな場所に保存しておいてください。

おわりに

以上、MolViewの入手とインストール方法でした。MolViewは直感的に操作できるソフトなので色々触ってみて操作に慣れておくと良いでしょう。 他の分子描写ソフトを使用する場合は、同様にMOLファイル形式(拡張子.mol)で保存できることを確認してみてください。 これで量子化学計算に最低必要な「Firefly(PC GAMESS)」,「MoCalc2012」,「MolView」の3つが揃いました。いよいよ、次回は量子化学計算(計算化学)の世界を『体験』していきましょう。

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