計算化学に関するソフトウエアやデータベースなど情報収集に役立つリンク集を作成しました。今後も適時更新していく予定なのでブックマークして是非、活用してください。
データベース関連
・Basis Set Exchange (基底関数の入手) (過去記事)
・CCCBDB (計算化学に関する総合データベース) (過去記事)
・CCL (計算化学に関するコミュニティサイト)
・ChemTube3D (遷移状態などの入手) (過去記事)
遷移状態の分子座標は、各ジャーナルのサポート情報からも入手できます。ジャーナルを定期購読してなくてもサポート情報へは無料でアクセスできるものもあるので是非活用しましょう。また、MOPACのマニュアル中の”Locating Transition States”なども参考になります。
・Crystallography Open Database (結晶構造の入手)
・ioChem-BD (計算化学の研究成果の公開リポジトリ)
・The MolSSI QCArchive (量子化学計算のデータを共有するためのOSP)
・IUPAC (理論化学で使用される略号)
・PubChemQC (安定構造や励起構造の入手) (過去記事)
・PCCDB (PubChemQCの上位プロジェクト) (過去記事)
・QCLDBⅡ (量子化学計算を扱った原著論文のデータベース) (過去記事)
・原子の電子配置表 (JapanKnowledge, スピン多重度設定時の参考に)
その他、無料の化学系データベースとしてDepth-Firstに64ものサイトが紹介されています。
・Sixty-Four Free Chemistry Databases
データセット検索は、ウェブ上に保存されているデータセットを簡単なキーワード検索で探すことができるので大変便利です。例えば、「計算手法/基底関数」や「化合物名」を組み合わせるなどして検索が可能です。
・Google Dataset Search
・DataCite
クラウドコンッピューティング/Webアプリなど
・ChemPark (HPCシステムズ)
・Chem Compute (過去記事)
・Kogence(#GAMESS)
・WebMO (過去記事)
・MolCalc (過去記事)
・rollApp (#chemistry) (AvogadroやJmolなどをWebアプリとして実行)
・JSmol (Web版、その他の関連アプリケーションはIndexよりアクセス)
・CheMagic:Virtual Molecular Model Kit (JSmolをベースに、ボタンで操作可能なビュアー)
・MolView (過去記事)
・OSRA (光学構造認識) (過去記事)
・ChemDes (分子記述子)
【単位関連】
・PC CHEM BASICS.COM (#単位換算)
・CODATA (物理定数や変換係数の推奨値)
・Keisan (汎用単位換算)
【文献番号簡易検索】
・Article Locator
・Chemistry Reference Resolver
・RefPapers
ブログ関連
・Chem-Station (ケムステ #計算化学)
・Computational Chemistry at Home
・Computational Chemistry Daily
・Computational Chemistry Highlights (オーバーレイジャーナル)
・Computational Organic Chemistry
・Harano Kazunobu Web Site (#分子軌道論)
・Henry Rzepa's Blog
・Is life worth living?
・Molecular Modeling Basics
・PC-CHEM.INFO
・Pirika.com
・かたかご
・計算化学.com
・知識のサラダボウル
・化学の新しいカタチ
・第一原理計算入門
ソフトウエア
量子化学および固体物理計算ソフトの一覧 (#Wikipedia)で、ライセンスや計算手法の対応状況が確認できます。また、以下のサイトによく纏められています。Macs in Chemistry はMac OSの対応状況に関するレポートなども確認できます。
・Open Source Molecular Modeling (オープンソースの分子モデリングソフトウェア一覧)
・MateriApps
・Macs in Chemistry (Mac専用)
当ブログで紹介したソフトウエアは過去記事のアーカイブを参照してください。
【Python関連】
・Google Colaboratory (Google が提供するブラウザから Python を実行できるサービス)
・pygamess (Python用のGAMESSラッパー)
・AutoGAMESS (GAMESSのラマン計算を自動化)
・cclib (出力ファイルに含まれるデータの抽出)
・chemtools (各種支援モジュール)
・GAMESSの出力ファイルをMarkdownへの変換
・autodE (反応プロファイルの自動計算)
>エネルギーダイアグラムの作成 (EXCELでの作成例)
・PyEnergyDiagrams
・rxnlvl
その他
Wikipediaの”Computational chemistry”は情報源として優れています。計算化学関連の主要ジャーナルは「Specialized journals on computational chemistry」から確認できるので、RSSに登録してチェックするのもよいでしょう。
計算化学関連の会社のHPからも様々な資料へアクセスできます。
・TSテクノロジー
・HPCシステムズ
・HULINKS
・X-Ability
・コンフレックス
動画で計算化学を学習するにはChris Cramerの講義がおすすめです。少しハードルが高い場合は、湯どうふさんの計算化学関連の再生リストがわかりやすくて初学者にはおすすめです。
・ミネソタ大学の計算化学講義 (#ComputationalChemistryUMN)
・湯どうふ (#量子化学・理論化学・計算化学)
セミナーや学会などの情報は、科学カレンダーで確認すると便利です。また、ここで紹介したウェブサイトのコンテンツが閉鎖やサイトリニューアルなどで消失している場合は、Wayback Machineなどのインターネットアーカイブを利用するとよいでしょう。
※) 当ブログの連載が書籍になりました!!興味がある方は、お手に取っていただければ幸いです!!
(Amazon購入ページ)(書籍の紹介記事)
コメント
コメント一覧 (5)
ブログを参考にして、楽しみながら勉強させて頂いております。
初心者向けに丁寧な説明がされているものは少なく、大変ありがたく思っております。
もしご存知でしたら伺いたいのですが、NEB法の計算手順を解説している書籍、もしくはブログなどはありますでしょうか?
量子化学計算プログラムでNEB法を実施するとしたら、NWChemが適切とのことなのでチャレンジしてみようと思いますが、Fireflyとは勝手が異なり苦戦しております。
お時間ある際にお返事いただけると幸いです。
どうもこのブログの管理人です。
お役に立てていれば幸甚です。
さて、NEB 法の件ですがNWChem自体情報が少なくて確かにはじめは苦戦しますよね。
Winmosterの資料がわかりやすくておすすめです。
無償版ではNWChemは使えませんが参考になります。トライアル版を試してみてもいいと思います。
NWChem編
https://winmostar.com/jp/tutorials/NWChem_tutorial_1%28NEB%29.pdf
Quantum ESPRESSO編
https://winmostar.com/jp/tutorials/QE_tutorial_10%28NEB%29.pdf
https://qiita.com/xa_member/items/e3b63a1fdca12f95e8cb
(NWChem本家のチュートリアル)
http://www.nwchem-sw.org/index.php/Release62:Nudged_Elastic_Band_(NEB)_and_Zero_Temperature_String_Methods
Winmostarが現在トライアル期間延長中とのこともあり、さっそく試してみました。
チュートリアルでNEB法の一連の流れを実行することができ、どのように実行すればよいかの参考になりました。
これから、NWChem本家のチュートリアルもトライしてみようと思います。
適切なアドバイスを頂きまして、大変ありがとうございました。
NEBは最新のGAMESS(US)にも実装されているので、試してみてもおもしろいと思いますよ。
GAMESS(US)でのNEBの計算例は近日中に記事にします。
GAMESS(US)はこのブログのおかげである程度扱えるようになったので、
記事にして頂けると大変助かります、是非ともよろしくお願いいたします。