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その他・便利なソフト
最近は3D PDFを使用した化学論文を見ることも珍しくありません。3D PDFは、静的な2次元の分子モデルではなく、インタラクティブに3次元(3D)モデルをPDF上で動作させる技術です。最新のAdobe Acrobatソフトがインストールされたコンピュータであれば、誰でも利用できます。計…
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GAMESSの導入
クラウドサービスはDropboxやGoogleドライブのようなデータ保存のためのストレージサービスが一般的ですが、高性能PCをクラウド上で貸し出すサービスもあります。「Chem Compute」はクラウド上の高性能マシンでGAMESS(US)を実行するというスタイルで、ネット回線環境があれば…
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Open Babelは、主に化学構造のファイルフォーマットを変換するためのフリーソフトです。GaussianやGAMESSはもちろん、NWChem、MOPACやChemDrawなどの独自フォーマットまで約110種類以上のファイルの読み込み、書き込み、変換に対応しています。使い方はユーザー次第で活用方…
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核磁気共鳴分光法(NMR)の化学シフトを予測するソフトは、様々なものが開発されています。前回、GAMESS(US)を用いた遮蔽定数の計算方法を紹介しましたが、量子化学計算では相当の時間とマシンパワーを要します。予測に求められる精度や、用途を考慮すると必ずしも量子化学計算…
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WebMOのデモ版は、サーバーが共有リソースになっているので、計算は1分間のCPU時間に制限されています。既にPCへGAMESS(US, Firefly)をインストールしているのであれば、計算はローカルで行って入力ファイルの作成や出力ファイルの分子描画機能のみを利用するのも一つの手で…
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